La Laguna Larga junto con La Gramosa y La Redondilla, de menor tamaño, forman parte de la ZEPA y LIC Humedales de La Mancha de la Red Natura 2000, Reserva de la Biosfera.
Los suelos que rodean estas lagunas son arcillas, margas y calizas yesíferas.
Son aguas salinas, por lo tanto la flora es muy característica, dándose especies como son los matorrales halófitos (Arthrocnemetalia), pastizales salinos mediterráneos (Juncetalia) o vegetación anual pionera (Salicornia). Es destacable la presencia de especies singulares como Limonium costae, Limonium latebracteatum, Limonium tournefortii, Limonium carpetanicum y Microcneum coralloides, todos endemismos ibéricos de saladares interiores del centro peninsular. Otra especie presente, Lepidium cardamines, se encuentra incluida en el catálogo Nacional de Especies Amenazadas.
